虫虫特工队讲述了一群体形渺小的蚂蚁们为了摆脱蝗虫的殖民统治，争取家园自由，协同马戏团的一帮逃兵几只菜鸟虫虫，合力对抗外形生猛强大的蝗虫的故事。
    在一个偏僻隐世的小池塘里有一个小岛，岛上居住着成千上万只蚂蚁，故而被称为“蚂蚁岛”。岛上的蚂蚁们辛勤地利用夏天屯积粮食过冬，却每年都被一群以“霸王”为首的蚱蜢欺压。年复一年，蚂蚁们不但都习以为常了，也没有刻意想办法扭转情势。有一天因为菲力的疏忽，而使得献给蚱蜢们的贡品不小心全部掉进了池塘里，霸王一怒之下，闯入了蚁穴，逼迫蚂蚁们交出双倍的粮食，否则就大开杀戒。
    为了弥补自己的过错，菲力毅然离开蚂蚁窝计划找寻一批可以协助它对抗蚱蜢的勇士虫。没想到，阴错阳差之下，它带回七只失业的马戏团表演虫回来。得知救兵并非真的是战士后菲力很失望，在与他们的争执中，误入了鸟窝，遭到了小鸟的袭击。所幸菲力急中生智，用声东击西的方法救出了伙伴们，摆脱了小鸟的袭击。还让蚂蚁们相信了它们就是真正的战士虫，不仅如此，还让菲力想到了一个好点子，就是做一只假鸟来吓跑蚱蜢。
    于是，大家就齐心协力一起制作完成了假鸟，将它藏在了树上。本来计划进行得很顺利，岂料，马戏团的跳蚤团长突然出现揭发了马戏团团员的身份，使得菲力的谎言曝光，遭到了大家的唾骂和抛弃，被赶出了蚂蚁岛。无奈之下，菲力只好和马戏团的虫虫们一起离开了蚂蚁岛。
    霸王来后，见蚂蚁们没有交出足够的粮食，就命令手下大肆破坏，逼迫蚂蚁们交出所有的粮食。幸亏小公主小不点机智，早就准备了一个秘密地点，将所有的小蚂蚁都藏了起来，才幸免于难，还无意中听到了霸王的阴谋。
    为了拯救蚂蚁岛，小不点拼死飞出了蚂蚁岛，找到了菲力，将一切都告诉了他。得知事情严重后，菲力便定下计策，先带领大家返回蚂蚁岛，让马戏团的人给霸王等人表演节目，吸引他们的注意力，并伺机救出蚁后。自己带着小蚂蚁军团钻进了假鸟之中，操纵假鸟攻击蚱蜢，企图吓跑他们。
    本来计划进行得很顺利，怎料不知情的跳蚤团长看见后，放了把火把假鸟给烧了，使得计划曝光，霸王发现后大发雷霆，命令手下将菲力给狠狠地毒打了一顿，并警告所有蚂蚁不得违抗他的命令。
    看到霸王如此霸道狠毒，菲力勇敢的站了起来，教训霸王，并说出了蚂蚁的强大和毅力，成功唤醒了大家的勇气和决心，饱受欺压的蚂蚁们终于忍无可忍，集体爆发，向蚱蜢发起了进攻。面对海潮般的蚁群，蚱蜢军团溃不成军，被打得落荒而逃。
    为了报仇雪恨，霸王便劫持了菲力，伺机逃跑，却被雅婷公主乘机救下菲力。愤怒的霸王穷追不舍，危急关头，菲力急中生智，将霸王引到了鸟窝边，借小鸟之手除掉了作恶多端的霸王。使得蚂蚁岛引来了和平美好的生活。

     

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