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方剂学研究指导原则以中医学术思想为基础，以科学方法论为指导，以方剂为主要研究对象，旨在揭示方剂学科规律的研究方法。
方法是在传统中医临床观察和思辨方法的基础上，引入和吸取现代科学方法发展起来的体现了中医学整体、系统、辨证的基本思想与现代自然科学方法的结合，方剂学科理论与现代多学科技术手段的结合。
方剂学研究具体工作主要有：临床试验，文献整理，逻辑分析，实验研究，多学科研究等方面。
方剂学与现代药理、化学、制剂及生命科学等多学科的渗透，运用实验研究的手段,从实证的角度认识方剂效用与方内药物之间的配伍关系，阐明方剂效用的物质基础和作用机理，发现方剂的潜在功效和新用途以及改进传统剂型，研发复方新药。
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